L'operazione è supervisionata dal Ministero della Difesa Nazionale e fa parte del piano del governo federale di espandere il ruolo della ferrovia oltre i servizi passeggeri.
Il trasporto merci è gestito da una flotta di locomotive Wabtec ES44AC con una potenza nominale di 4.500 hp. Le locomotive, identificate come TMY 2004, 2005 e 2006, sono state impiegate per le manovre di accoppiamento e il posizionamento iniziale delle piattaforme intermodali.
I treni merci sono dotati del Sistema europeo di gestione del traffico ferroviario (ERTMS), che consente il funzionamento parallelamente all' infrastruttura passeggeri esistente. L'integrazione ha lo scopo di consentire un utilizzo coordinato della linea, mantenendo standard di sicurezza comuni.
Di notte vengono effettuate prove di funzionamento sul tratto che porta a Tenosique. Le operazioni comprendono il posizionamento delle prime piattaforme che supporteranno il lancio dei servizi regolari di trasporto merci.
Il progetto Maya Train si estende nella penisola dello Yucatán ed è stato sviluppato principalmente come ferrovia passeggeri. L'introduzione di servizi di trasporto merci aggiunge una funzione logistica al corridoio, collegando i siti industriali e i porti nel sud-est del Messico.
